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Ceppi batterici: realizzato algoritmo per distinguerli

Come riconoscere i diversi ceppi batterici che compongono il microbiota? All’Unità di Biologia computazionale della Fondazione Edmund Mach di San Michele lo fanno con un algoritmo dedicato in grado non solo di distinguere ma anche di quantificare.

La ricerca
“Le tecniche di sequenziamento di nuova generazione – spiegano i ricercatori Davide Albanese e Claudio Donati su Nature Communications – hanno evidenziato che le comunità microbiche sono spesso composte da migliaia di specie diverse, e che all’interno di ogni singola specie coesistono diverse varianti (ceppi) con effetti profondamente diversi sulla salute dell’organismo ospite. Ogni singolo ceppo ha un profilo genetico caratteristico che può essere usato per identificarlo con grande precisione”.

La metodologia proposta usa le sequenze genomiche note dei batteri per costruire un archivio delle varianti genetiche dei singoli ceppi ed è in grado, mediante sofisticate tecniche statistiche e di “machine learning” (apprendimento automatico), di identificare i singoli profili in campioni di microbioma. Le applicazioni di questo algoritmo vanno dalla epidemiologia delle malattie infettive alla caratterizzazione delle dinamiche della colonizzazione microbica.

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